检测转录因子、组蛋白修饰或染色质蛋白在目标基因组区域的富集，并为 ChIP-qPCR 或 ChIP-seq 提供可追溯样本。
实验目的
检测转录因子、组蛋白修饰或染色质蛋白在目标基因组区域的富集，并为 ChIP-qPCR 或 ChIP-seq 提供可追溯样本。
适用范围与实验要求
- 样本：培养细胞
- 样本：新鲜或冻存组织
- 样本：原代细胞
- 样本：低输入细胞样本（需专项优化）
- 物种：人、小鼠、大鼠、其他具有参考基因组的物种
- 难度与耗时：高级，约 2–4 天；测序分析另计
- 安全：组织与细胞按来源管理；甲醛交联和有机试剂在通风条件下操作；扩增前后区域分离。
实验原理
细胞或组织经交联固定蛋白-DNA 复合物，染色质被剪切至合适片段后使用 ChIP 级抗体免疫富集，随后解交联、纯化 DNA，并以 qPCR 或测序评估特定位点或全基因组占据。
标准工作流程
- 优化交联并及时终止
- 裂解细胞或组织并释放细胞核
- 将染色质剪切至预设片段范围
- 保留 Input 并完成免疫沉淀
- 严格洗涤并洗脱复合物
- 解交联、蛋白消化并纯化 DNA
- 以阳性和阴性位点完成 ChIP-qPCR 质控
- 合格样本进入建库、测序和标准化分析
设备、试剂与耗材
- 设备：超声破碎或酶切设备、冷冻离心机、旋转混合器与磁力架、qPCR 仪或 NGS 平台
- 试剂：交联与终止试剂、染色质裂解与剪切缓冲液、ChIP 验证抗体、Protein A/G 磁珠、DNA 纯化与 qPCR/建库试剂
- 耗材：低吸附管与滤芯枪头、超声兼容管、PCR 管板与封板膜、无核酸酶耗材
必需对照与 QC
- Input DNA
- 同型 IgG 对照
- 已知阳性位点
- 阴性基因组区域
- 无抗体或珠子对照
- Input 片段分布符合预设；IgG 背景低；阳性位点相对 Input 明显富集；阴性区域无异常富集；重复间趋势一致；测序文库复杂度和信噪比满足项目标准。
关键参数与结果解释
交联程度、细胞输入、片段分布、抗体特异性、抗体用量、磁珠容量、洗涤强度和 qPCR 引物效率是决定富集质量的核心变量。
富集结果反映特定条件下染色质占据或修饰状态。应采用 Input 或 IgG 标准化，并结合生物学重复、表达数据及独立方法验证，避免把单个位点富集直接解释为调控因果。
常见问题与排错
信号低时优化交联、剪切和抗体；背景高时降低抗体量并加强洗涤；片段过长或过短时调整超声能量与循环；重复性差时固定细胞数、批次和归一化流程。
产品 BOM 入口
科研用途说明：本流程仅用于科研实验设计和产品选型；具体参数、兼容性、规格、价格和交付以项目评估及正式报价为准。